建安十三年八月二十九日（208年9月26日），已经积恨已久，必欲置之死地而后快的曹操，终于以“招合徒众”“欲图不轨”“谤讪朝廷”“不遵超仪”等罪名将孔融处死，并株连全家，孔融时年五十六岁。孔融留下的《临终诗》说：

言多令事败，器漏苦不密。
河溃蚁孔端，山坏由猿穴。
涓涓江汉流，天窗通冥室。
谗邪害公正，浮云翳白日。
靡辞无忠诚，华繁竟不实。
人有两三心，安能合为一。
三人成市虎，浸渍解胶漆。
生存多所虑，长寝万事毕。

诗中已经没有往日的激烈和锋芒，但也完全没有忏悔的意思，只是感慨个人对世事的无奈。这是因为时代所限，孔融无法从历史的高度审视和判断自己因得罪曹操致死的士人文化史意义。

从历史发展演变轨迹看，士人阶层与帝王皇权之间走过了数次分合之变。而每次变化都将二者之间关系进一步明确清晰定位，并使双方各自明确自己的文化史角色任务而付诸实践。

西周时期“学在官府”的文化格局，决定士人只是周天子大一统政治的附庸，士人被迫从属于天子（皇权）。从春秋战国开始，随着“学在官府”格局的打破，士阶层从天子中央流落到社会，开始用自己的思想学说作为谋生的手段。诸子百家学说千头万绪，一言以蔽之，皆“君人南面之术”，从而形成皇权与士人雇用与被雇用的雇主关系。但由于列国分散，士人众多，皇权和士人双方都还有相互选择的余地。从秦始皇大一统局面形成开始，士人的服务对象就只能集中在一家帝王，帝王对于士人命运就有了更大的左右控制操纵权。

东方朔凭借倡优俳谐之术，在汉武帝那里换口饭吃，但也深感“伴君如伴虎”；司马相如则凭借写赋的本事，要么用《上林》《子虚》《大人》赋为帝王气象粉饰太平，要么用《长门赋》为帝王调节家庭夫妻矛盾。其奴颜婢膝之状，令人心痛。

士人阶层群体人格独立，并开始形成参与与社会批判的中坚力量，起于魏晋门阀士族崛起，尤其是“竹林七贤”与司马氏政权的分离对峙，形成中国历史上重要的士人对皇权的分离和批判氛围，并直接导致东晋时期以士人占据国家政权中心位置的“门阀政治”局面。

把孔融与曹操的对立关系放到这个大背景来审视，就不难看出：孔融的人格独立和社会批判精神，是魏晋士人群体人格独立和社会批判意识觉醒的先行者。