正因为《水浒传》宣扬的是绿林豪侠精神，它的英雄人物也深受广大平民百姓所喜爱。所以它对蒙受苦难的老百姓具有启发他们揭竿而起，造反上山的作用。清代刘銮《五石瓠·水浒小说之为祸》中说：“张献忠之狡也，日使人说《三国》、《水浒》诸书，凡埋伏攻击咸效之。其老本营管队杨兴吾尝语孔尚大如此。”正因为如此，《水浒传》才引起了统治者的极度憎恶和恐惧，他们三番五次地下令禁毁这部小说。

明代崇祯年间，李青山为首的起义军又在梁山泊啸聚，崇祯十五年(1642)四月十六日，刑科给事中左懋第上书道：“李青山诸贼啸聚梁山，破城焚漕，咽喉梗塞，二东鼎沸。诸贼以梁山为归，而山左前此莲妖之变，亦自郓城梁山一带起。臣往来舟过其下数矣。非崇山峻岭，有险可凭；而贼必因以为名，据以为薮泽者，其说始与《水浒传》一书，以宋江等为梁山啸聚之徒，其中以破城劫狱为能事，以杀人放火为豪举，日日破城劫狱，杀人放火，而日日讲招安以为玩弄将士之口实。不但邪说乱世，以作贼为无伤，而如何聚众竖旗，如何破城劫狱，如何杀人放火，如何讲招安，明明开载，且预为逆贼策算矣。臣故曰：此贼书也。李青山等向据梁山而讲招安，同日而破东平、张秋二处，尤一一仿而行之。青山虽灭，而郓、巨、寿、范诸处、梁山一带，恐尚有伏莽未尽解散者。《水浒传》一书贻害人心，岂不可恨哉？按宋鉴纲目，但有淮南盗宋江掠京东诸郡，知海州张叔夜平之耳。此书荒诞不经，初但为隶佣瞽工之书，自异端李贽乱加圈奖，坊间精加缮刻，此书盛行，遂为世害。而街坊小民将宋江等贼名画为纸牌，以赌财物，其来尤久。小民一拈其事，不至于败行荡产不止。始为游手之人，终为穿窬劫掠之盗，世之多盗，弊全坐此。皆《水浒》一书为之祟也。臣思皇帝崇经右文，方且表章周、程、朱、邵、张子之书，以正一世之人心，而此等邪乱之书，岂可容存天地间以生乱萌以煽贼焰哉？臣请自京师始，《水浒传》一书，书坊不许卖，士大夫及小民之家俱不许藏，令各自焚之。乃传天下，凡藏《水浒传》书及板者，与藏妖书同罪。市有卖纸牌及家藏纸牌并牌模者、并以纸牌赌财物者，皆以藏《水浒传》之罪罪。而梁山一地，仍请皇上更其名，或以灭寇荡氛名其山，勒石其巅，庶漕河之畔，人望其山而知贼之不可为，又知《水浒传》之为妖书也。人心正，盗风自息。诸不逞之徒，怵于皇上之威灵，岂复敢思啸聚者哉？不但山左盗息，而天下之盗风皆可息矣。”（载《明清史料乙编》第十本《兵科抄出给事中左懋第题本》）

从这个上书中可以看出，上书者左懋第对《水浒传》所产生的社会影响，尤其是对绿林起义事业从《水浒传》中所汲取的营养的认识是十分明确的。所以他的上书中才能对《水浒传》恶毒诋毁，必欲置之死地而后快。左懋第上书两个月之后，崇祯十五年六月二十三日，郎中龚彝又上书请求禁毁《水浒传》。到了清代，康熙、雍正、乾隆、嘉庆、道光、咸丰等历朝都有严禁《水浒传》的诏令，都认为它是“蛊惑愚民，诱以为恶”的“秽恶”之贼书，应“一体严禁”。为了抵消《水浒传》的巨大影响，道光年间御用文人俞万春又写了《荡寇志》一书，更加狠毒地诋毁梁山好汉和起义事业。